• Author / Uploaded
• Latifah Azizah

Citation preview

MK PEMULIAAN TANAMAN TERAPAN (26 Mei 2017) Praktikum Analisis Data Molekuler 1. Uraian Tugas Individu 5c: a. Di bawah ini disajikan data hasil visualisasi gel elektroforesis yang harus dianalisis; b. Setiap mahasiswa secara berkelompok melakukan skoring pita DNA yang tampak pada gel elektroforesis; c. Selanjutnya melakukan analisis data berbasis marka molekuler; d. Hasil dan pembahasannya dilakukan diskusi terhadap masing-masing pada hari Jum’at, 26 Mei 2017; e. Laporan praktikum dari setiap kelompok dikumpulkan pada tanggal 25 Mei 2017; 2. Berikut ini adalah hasil visualisasi gel elektoforesis primer Bradburry pada 23 genotipe padi yang terseleksi primer RM589 dan RM8213. Ket: L= Ladder 1kb; SN= tetua betina Sintanur (aromatik) ; PTB= tetua jantan PTB-33 (non aromatik)

Kerjakan: a. Skoring alel b. Mengitung nilai Polymorphism Information Content (PIC) c. Mengitung nilai frekuensi alel homozigot aromatik d. Mengitung nilai frekuensi alel heterozigot non aromatik e. Mengitung nilai frekuensi alel homozigot non aromatik

3. Berikut ini adalah hasil visualisasi gel elektroforesis primer Cams 163 pada 18 genotipe cabai besar untuk karakter ketahanan terhadap antraknose

Hitunglah : a. Skoring alel b. Nilai Polymorphism Information Content (PIC) c. Nilai heterozygosity (H)

4. Dibawah ini adalah data skoring populasi F3 Sintanur x PTB 33 untuk identifikasi ketahanan terhadap wereng coklat menggunakan marka SSR Genotip PTB SN SP46-1 SP46-2 SP46-3 SP46-4 SP46-5 SP46-6 SP46-7 SP46-8 SP73-1 SP73-2 SP73-3 SP73-4 SP87-1 SP87-2 SP87-4 SP87-5 SP87-6 SP87-7 SP87-8 SP87-10 SP87-12 SP87-13 SP87-15 SP87-18 SP87-19 SP87-20 SP87-21 SP87-22 SP87-23 SP87-24

RM586(1) 1 0 1 1 1

0 0 0 0 0 1 0

1

1 0 0

RM586(2) RM8213(1) RM8213(2) 0 0 1 1 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 0 1 1 0 1

RM589(1) 0 1 0 0 0

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

RM589(2) RM8072(1) RM8072(2) 1 1 0 0 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0 1 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 0 1 0 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 0 1 1 0 1 1 0 1

RM313(1) 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0

RM313(2) 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1

1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1

0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0

SP87-25 SP87-26 1 0 SP87-27 SP87-28 SP87-29 0 1 SP87-30 SP87-31 1 0 SP87-32 SP87-33 SP87-34 SP87-35 0 1 SP87-36 SP101-2 1 0 SP101-3 1 0 SP211-1 1 0 SP211-2 1 0 SP229-1 SP229-2 1 0 SP260-1 0 1 Hitunglah : d. Nilai Polymorphism Information Content (PIC) e. Nilai alel heterozygosity (H) f. Nilai frekuensi alel homozigot tahan g. Nilai frekuensi alel heterozigot tahan h. Nilai frekuensi alel homozigot rentan

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

1 1

0 0

1

0

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

0 0

1 1

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 1 1 1 1 1

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0

1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0

0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1