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• Nico Ariel Jaramillo

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Revisión y Confección de estructuras con el programa químico “Chem Draw” Nicomedes A. Jaramillo1 y Reina Ríos2

Departamento de Química, Química Computacional, Facultad de Ciencias Naturales y Exactas. Universidad Autónoma de Chiriquí. Ciudad de David, Provincia de Chiriquí, Republica de Panamá.

Resumen: Esta experiencia se realizó para familiarizarnos con el "Chem Draw" que es un programa especialmente diseñado para químicos que permite dibujar las estructuras de los compuestos químicos de un modo rápido y sencillo, el mismo cuenta con una gran variedad de herramientas, símbolos y posibilidades para poder abordar la representación de casi cualquier sistema químico, además, de contar con una librería de estructuras que puede sernos útil para poder dibujar sistemas complejos. Palabras claves: dibujo, estructura, chemdraw, nomenclatura. Introducción DESCRIPCIÓN ChemDraw fue el primer programa comercializado para la producción fácil de estructuras químicas de calidad de publicación. Su primera versión, 1.0, fue lanzada en 1986. En los últimos 20 años ChemDraw ha permanecido como el estándar a nivel mundial para el dibujo y análisis de estructuras químicas en el ámbito industrial y académico. CARACTERÍSTICAS PRINCIPALES DE ChemDraw  La forma más RÁPIDA de dibujar estructuras químicas. ChemDraw se ha diseñado para construir estructuras químicas con facilidad y rapidez. Dispone para ello de anillos y plantillas predefinidas, etiquetas para los átomos y leyendas en cualquier fuente y estilo, una amplia variedad de objetos complementarios como orbitales, curvas de forma libre, diversas líneas, cajas y formas geométricas, tablas, placas TLC, numeración de átomos manual y automática, y más.  La forma más PRECISA de dibujar estructuras químicas. ChemDraw aplica las convenciones de representación química a medida que dibuja, por ejemplo, cambiando un grupo CH3 a CH2 cuando se añade un enlace adicional. Si se introduce algún error, ChemDraw lo señala con un recuadro rojo para facilitar su detección y corrección.  La forma más AVANZADA de dibujar estructuras químicas. ChemDraw va mucho más allá de las moléculas orgánicas comunes, ya que incluye múltiples herramientas para dibujar estructuras complejas: compuestos de coordinación polinucleares, corchetes inteligentes para la representación de polímeros, química de los metales de transición incluyendo enlaces cuádruples… Mucho más que simplemente dibujos bonitos, ya que las convenciones aplicadas se almacenan con “inteligencia química”. 1 2

4-748-1611 4-751-1141

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El entorno de dibujo químico más PERSONALIZABLE. ChemDraw ofrece al usuario una flexibilidad incomparable para adaptarse a sus necesidades. Crear plantillas propias para acelerar las tareas de dibujo repetitivas, definir nombres alias y personalizar “hotkeys”… e incluso compartir las personalizaciones con otros usuarios! Representación de estructuras químicas con la máxima CALIDAD. ChemDraw sigue siendo el programa de dibujo estructural más requerido por las publicaciones más prestigiosas del área de la química. Controla todos los aspectos del dibujo, incluyendo el grosor de las líneas, fuentes y estilos de fuentes, colores… Los formatos de salida incluyen PostScript Encapsulado (EPS) y TIFF para imprimir con alta calidad, además de GIF para publicación en la Web. Predicción de PROPIEDADES QUÍMICAS. Las estructuras químicas representan sustancias de la vida real. ChemDraw puede predecir muchas propiedades de estas sustancias, incluyendo espectros RMN de protón y carbono-13, (empleando diversos algoritmos que incluyen el reconocido Log P), etc. Muchas propiedades como la fórmula química, el peso molecular y el análisis elemental, se calculan y actualizan en tiempo real a medida que se dibuja, ofreciendo una confirmación adicional de que el dibujo corresponde a lo que se desea. Herramientas de NOMENCLATURA. Generar nombres precisos de acuerdo a las reglas sistemáticas propuestas por la Unión Internacional de Química Pura y Aplicada (IUPAC) y a las reglas CIP (Cahn-Ingold-Prelog) de estereoquímica para la asignación de configuración absoluta (R, S, E, Z, etc.). También a la inversa, ChemDraw puede generar estructuras para la mayoría de los nombres químicos, correspondan o no a reglas sistemáticas, incluso con reconocimiento e interpretación de erratas. INTERFAZ a otras aplicaciones. ChemDraw soporta todos los formatos comunes de dibujos de estructuras 2D (MDL MolFiles, ISIS SKC, cadenas SMILES y SLN, y los formatos CDX y CDXML). El enlace a ChemDraw ActiveX control para Netscape/Mozilla puede insertarse en páginas HTML para añadir una interfaz de dibujo de estructuras al buscador web. Puede también incorporarse el ActiveX control en sus aplicaciones propias creadas en Visual Basic o en otros entornos de desarrollo. Usar ChemDraw para BUSCAR EN BASES DE DATOS. Muchas búsquedas de estructuras químicas requieren especificaciones precisas de propiedades como grupos alternativos, listas de elementos o ramificaciones variables, antes de poder remitirlas a maquinarias de búsqueda como ChemFinder, Beilstein o CAS, entre otras muchas. (Capmany, 2011)

Materiales: Ordenador PC-Windows, Unix, Ubuntu Programa: Chem Draw Procedimiento: 1. Dibujar las siguientes estructuras: alcohol: etanol, iso-butanol, alquenos; cis, trans, con haluros 2. Dibujar alcanos: incorporarles, carbonilos, para crear una cetona o un aldehido, oxigeno para obtener eteres, modificar un aldehido para obtener un acido, luego obtener un ester,

posteriormente obtener una amida y un anhidro, incorporarle nitrogeno para obtener aminas. 3. Construir compuestos nitrados: nitrato y nitrito de metilo, nitrometano. 4. Construir benceno, naftaleno y antraceno, 1,8-dimetil-naftaleno y verificar si estos pueden rotar libremente. 5. Revisar las bases de datos de búsqueda bibliografía y si es posible con investigaciones en química computacional sobre la estructura de estudio. Resultados: Al abrir el programa esto es lo que observamos, en la parte superior el título del programa donde nos encontramos (ChemDraw), seguido del título del farchivo entre corchetes, como no se ha guardado ningún cambio aun aparece "untittled". Debajo de estos títulos aparece una serie de menús que se despliegan cuando hacemos clic con el botón izquierdo del ratón: FILE, EDIT, TOOLS, OBJECT, TEXT, CURVES, COLOR, WINDOW,HELP,etc. En la parte izquierda de la pantalla encontramos una columna de símbolos que son las herramientas de las que el programa dispone y que podemos utilizar para realizar el dibujo de las estructuras y reacciones químicas.

Procedimos a realizar las estructuras y la insertamos a continuación con el numero del procedimiento para diferenciarlas de cada paso.

Todas estas estructuras son creadas a partir de las herramientas que presenta el programa, el nombre se puede insertar ya sea a mano como lo hicimos con los iones de nitrato y nitrito, o automáticamente por medio del programa. “ALT + CTRL + N”

De nuestra estrcutura de estudio elegimos un ligando y procedimos a dibujarlo en el programa.

Conclusiones. 

El Chem Draw es un programa útil a la hora de realizar gráficos de estructuras químicas y biológicas, otorgando una completa solución para tanto dibujos de estructuras químicas como la creación de mecanismos de una reacción determinada y estudiada.

Bibliografía Capmany, M. A. (10 de Septiembre de 2011). Addlink. Obtenido de Software Cientifico: http://www.addlink.es/productos.asp?pid=170