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• Edwin Samanez Zuñiga

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GUIA DE INSTALACION LAMMPS - Compilacion en Linux (Ubuntu) Este proceso de instalacion fue probado en varios tipos de arquitecturas(32 bit y 64 bit - O.S.Ubuntu 9.04), en las cuales el proceso solo cambia en un minimo segun lo que se requiera, ya que la mayoria de las librerias usadas no son instaladas manualmente (synaptic lo hace por nosotros). Instalacion Basica: 1.- Comprobar y actualizar el sistema operativo. 2.- Descargar LAMMPS de la direccion http://lammps.sandia.gov/, escojer la version - < C++ (7 Jul 2009) GPL license > y desempaquetar el archivo. 3.- Instalar el C shell, el cual ejecuta comandos secuenciales(tipo bash) y tiene una sintaxis parecida a C. sudo apt-get install csh 4.- Instalar las librerias MPICH y FFTW2: sudo apt-get install build-essential mpich-bin libmpich1.0-dev mpi-doc fftw2 fftw-dev libxaw7-dev 5.- Editar el archivo change_box.cpp en el directorio LAMMPS/src/ y agregar la siguiente linea: #include 6.- En el mismo directorio LAMMPS/src/ ejecutar el siguiente comando: make debian Este comando generara sin problemas el ejecutable lmp_debian y este es el archivo que usaremos para ejecutar los ejemplos, para esto copiaremos este archivo en cada directorio de los ejemplos(LAMMPS/examples/****) que deseemos correr y ejecutaremos el comando: ./lmp_debian < in.****** 7.- Este comando nos generara un archivo log y otro dump, el cual usaremos para visualizar los resultados. Para poder visualizar cada ejemplo debemos generar el ejecutable xmovie, accediendo a LAMMPS/tools/xmovie y ejecutar el comando: make -f Makefile Copiar el ejecutable xmovie en el directorio bin o si es que desea tambien se puede copiar en cada directorio de los ejemplos(LAMMPS/examples/****) y ejecutarlo como: ./xmovie < dump.****

./xmovie -scale dump.****

Este proceso de instalacion solo compila algunos paquetes de LAMMPS. El proceso de instalacion completa se explicara en las siguientes lineas: Instalacion Completa: La instalacion completa requiera de una tarjeta de video nvidia con soporte CUDA

para la libreria gpu, la cual se excluira de este manual, por lo cual la instalacion completa tendra los siguientes paquetes instalados: Installed Installed Installed Installed Installed Installed Installed Installed Installed Installed Installed Installed Installed Installed Installed Installed

YES: YES: YES: YES: YES: NO: YES: YES: YES: YES: YES: YES: YES: YES: YES: YES:

package package package package package package package package package package package package package package package package

ASPHERE CLASS2 COLLOID DIPOLE DPD GPU GRANULAR KSPACE MANYBODY MEAM MOLECULE OPT PERI POEMS REAX XTC

Installed Installed Installed Installed Installed

YES: YES: YES: YES: YES:

package package package package package

USER-ACKLAND USER-ATC USER-CG-CMM USER-EWALDN USER-SMD

Para realizar esto debemos de compilar las sublibrerias(ATC, MEAM, REAX y POEMS) contenidas en el directorio LAMMPS/lib/ y procederemos de la siguiente manera: 8.- Ingresar al directorio LAMMPS/lib/atc y ejecutar los comandos : gedit Makefile.g++ Y cambiar la linea correspondiente a CCFLAGS por el siguiente codigo: =$(PKGINC) -g -O -I/usr/lib/mpich/include/ -DFFT_FFTW -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK

-I../../src

Ahora en el mismo directorio ejecutar el comando: make -f Makefile.g++ Si el proceso es exitoso se generara un archivo *.a. 9.- Ingresar al directorio LAMMPS/lib/poems y ejecutar: make -f Makefile.g++ 10.- De manera analoga para las librerias MEAM y REAX, es posible que se necesite instalar el gfortran: sudo apt-get install gfortran Ejecutamos en cada directorio: make -f Makefile.gfortran 11.- Una vez instalados estos paquetes necesitaremos de librerias para algebra

lineal, las cuales seran blas y lapack, las cuales se instalaran por medio de synaptic buscando libblas-dev y liblapack-dev y instalandolos. 12.- Ahora debemos instalar el intel fortran compiler el cual descargaremos en su version redistributable de la siguiente pagina: https://registrationcenter.intel.com/RegCenter/AutoGen.aspx? ProductID=1323&AccountID=&EmailID=&ProgramID=&RequestDt=&rm=EVAL&lang= Se deben registrar, descargar y descomprimir el archivo l_cprof_p_11.1.056_redist, entrar al directorio y ejecutar el comando: sudo ./install.sh Proseguir con la instalacion hasta terminarla(asegurar que se instale en el directorio por defecto). ahora debemos modificar el archivo Makefile.debian del directorio LAMMPS/src/MAKE con el siguiente codigo: # --------------------------------------------------------------------# System-specific settings # edit as needed for your machine # additional system libs needed by LAMMPS libs # NOTE: these settings are ignored if the LAMMPS package (e.g. gpu, meam) # which needs these libs is not included in the LAMMPS build gpu_SYSLIB = meam_SYSLIB = reax_SYSLIB = user-atc_SYSLIB =

-lcudart -lintlc -lifcore -lsvml -lompstub -limf -lintlc -lifcore -lsvml -lompstub -limf -lblas -llapack

gpu_SYSLIBPATH = -L/usr/local/cuda/lib64 meam_SYSLIBPATH = -L/opt/intel/Compiler/11.1/056/lib/ia32 reax_SYSLIBPATH = -L/opt/intel/Compiler/11.1/056/lib/ia32 user-atc_SYSLIBPATH =

13.- Por ultimo ejecutar los comandos en el directorio LAMMPS/src/: make yes-all make no-gpu make debianis 14.- Aun existen problemas con la instalacion completa ya que nos brinda un errores como: Killed Ya que al parecer no se cuenta con la suficiente memoria RAM(1GB) en los labotarorios, si es que se apliara se podria realizar las pruebas y verificar si este es el error. Por ahora quitaremos las librerias REAX y MEAM y compilaremos todo los demas paquetes de la siguiente manera: En el directorio LAMMPS/src/: make no-meam

make no-reax make debian Este ejecutable lmp_debian si esta probado y verificado que si puede correr la mayoria de ejemplos, expepto los que usen los paquetes MEAM y REAX. # By Led #