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Pigmentos celulares. Clorofilas. Las clorofilas son sustancias solubles en aceite. La clorofila a (verdoso amarillenta) es el primer pigmento fotosintético en plantas verdes para la transferencia de energía lumínica a un aceptor químico. La luz absorbida provee energía para fotosíntesis. Una hoja verde absorbe luz azul (430 nm) y luz roja (660 nm). Esta refleja longitudes de onda verde y es por eso que para nosotros las plantas son de este color. La clorofila a puede ser encontrada en algas verde azuladas y rojas. Pigmentos accesorios en fotosíntesis transfieren energía a la clorofila a. Uno de esos pigmentos accesorios es la clorofila b (verde azulada), encontrada en plantas mayores y algas verdes con clorofila a. La clorofila c es también un pigmento accesorio encontrado con clorofila a en algas cafés y diatomeas. La clorofila d, junto con la clorofila a es encontrada en algunas algas rojas. Carotenoides. Estos pigmentos son considerados como pigmentos accesorios in la fotosíntesis cuando es encontrada en los cloroplastos asociada con clorofila; y, como un pigmento de coloración cuando es encontrada en los cromoplastos. Los carotenoides, al igual que las clorofilas, no son solubles en agua. Estas absorben principalmente luz de color azul y violeta entre 400 y 500 nm y reflejan colores rojo, anaranjado, amarillo, café y el color verde en aguacates. Estos dan color a zanahorias, tomates y flores amarillas principalmente. Los carotenoides rojo y amarillo son revelados en hojas de otoño (h, l) después de que los pigmentos de clorofila comienzan a degradarse. Esto ocurre cuando el largo de los días comienzan a acortarse y las bajas temperaturas comienzan a prevalecer en las regiones temperadas del mundo. Los carotenos (pigmentos de color amarillo o anaranjado que no contienen oxígeno) al parecer evitan que la clorofila se destruya en presencia de oxígeno y luz. β-carotene es el más importante de los carotenos. Las xantófilas son pigmentos carotenoides que contienen oxígeno. Estos transfieren energía de la luz a la clorofila. Algunas de las xantófilas incluyen a la luteina, zeaxantina, violaxantina y fucoxantina, la cual es encontrada en algas verdes. Ficobilinas. Estos pigmentos son solubles en agua. Como pigmentos accesorios estos absorben luz y transfieren energía a la clorofila a. El pigmento rojo, ficoeritrina, es encontrada en algas rojas. El pigmento azul, ficocianina, está presente en algas verde azuladas y rojas. Fitocromo. Este pigmento juega un papel muy importante en la regulación de varios procesos de crecimiento y desarrollo de las plantas. El fitocromo es encontrado dos formas reversibles. Una forma, Pr, absorbe luz roja (660 nm) y refleja un color azul verdoso. La otra forma, Pfr, absorbe luz roja lejana (mayoritariamente 730 nm) y refleja un color verde claro. La mayor cantidad de fitocromo es encontrada en tejidos merístemáticos.

Flavonoides. Estos son pigmentos solubles en agua y se acumulan en las vacuolas. Estos absorben luz ultravioleta. Antocianinas. Son compuestos fenólicos que son encontrados en la mayoría de frutos y muchas flores. Estos pigmentos que reflejan los colores rojo, violeta y azul son encontrados manzanas de color rojo y flores de geranio; el azul de flores de maíz; y el rojo y violeta de flores de fuccias (l, m). La función de estos pigmentos puede ser solamente hipotetizada, pero el estudio de plantas que contienen estos colores es muy usado para determinar relaciones evolucionarias. Flavinas. Estos pigmentos se encuentran en flores de color amarillo o marfil. Algunas flavinas, como la riboflavina (vitamina B 2), actúa como cofactor en reacciones enzimáticas y se cree que muchas de estas también actúan como pigmentos receptores en respuestas foto trópicas (cuando las plantas se doblan hacia la luz). Betalainas. Estos son pigmentos rojizos que contienen nitrógeno que se encuentran en las vacuolas. Betacianinas. Son pigmentos azul-violeta a rojo y son encontrados en las raíces de remolacha y algunas flores rojas de cactus. Betaxantinas. Estos pigmentos reflejan colores amarillo, anaranjado y anaranjadorojizo.